Какое-то количество бактерий действительно "гибнет" в желудке. Как правило - это бактерии с нарушенной внешней защитной мембраной. В желудке кислая, а не щелочная среда, поэтому она не является губительной для упомянутых Вами микроорганизмов, нормализующих флору кишечника. Другое дело, что не у всех организм восприимчив к этим компонентам. Нормализация флоры кишечника - непростое дело и , как правило осуществляется методом подбора препаратов.