Порядок освобождения операций по реализации медицинской техники определял в 2000-2001г.г. Закон РФ от 06.12.1991г. № 1992-1 «О налоге на добавленную стоимость» (в ред. от 24.03.2001г.). Эта норма действовала до 01.01.2002г. в соответствии со ст. 2 Федерального закона от 05.08.2000 №118-ФЗ «О введении в действие части второй Налогового Кодекса Российской Федерации и внесении изменений в некоторые законодательные акты Российской Федерации о налогах» (в ред. от 15.12.2001г.). Действительно, по действовавшему в этот период Федеральному закону от 25.09.98г. № 158-ФЗ «О лицензировании отдельных видов деятельности» (в ред. от 29.12.00) деятельность по распространению медицинской техники подлежала лицензированию.
В то же время зависимость между освобождением от налога на добавленную стоимость и наличием у налогоплательщика лицензии на осуществление деятельности на законодательном уровне впервые устанавливается п.6 ст.149 НК РФ, действующего с 01.01.2001г. Но, однако, в этом пункте прямо указывается, что это требование относится к освобождаемым от налога операциям, перечисленным в ст. 149. Операции же по реализации медицинской техники вплоть до 01.01.2002г., как указывалось выше, освобождались от НДС в соответствии с пп. у п.1 ст. 5 Закона РФ от 06.12.91г. № 1992-1, а не по 149 статье НК РФ. При этом указанный закон никак не связывал представление такой налоговой льготы с наличием у предприятия соответствующей лицензии.
Напомним, что еще в 1996г. было опубликовано совместное письмо от 10.04.96г. Минфина РФ № 04-03-07 и Госналогслужбы РФ № ВЗ-4-03/31Н «О порядке освобождения от налога на добавленную стоимость медицинской продукции», в котором говорилось о том, что предприятие может воспользоваться льготой по НДС по Закону РФ №1992-1 лишь при наличии выданной в установленном порядке соответствующей лицензии. Однако Верховный суд РФ своим Решением № ГКПИ 98-237 от 30.07.98г. признал абзац 6 совместного письма Минфина РФ № 04-03-07 и Госналогслужбы РФ № ВЗ-4-03/31Н от 10.04.96г. в части слов «при наличии у российских организаций соответствующих лицензий» незаконным (недействующим) и не подлежащим применению.
Таким образом, по нашему мнению, по реализации медицинской техники до 01.01.2001 г. нет никаких оснований связывать освобождение от НДС с наличием соответствующей лицензии. Что же касается 2001 г., то мы считаем, что порядок, установленный п.6 ст. 149 НК РФ, применим только к тем операциям, которые получили освобождение от налога на добавленную стоимость в соответствии со ст. 149., а для подтверждения льготы по НДС при реализации медицинской техники наличие лицензии не требуется.