Центральным органом, проводящим всю текущую работу в коллективах Макаренко, был совет командиров, который состоял из командиров первичных коллективов. К выборам их Антон Семенович подходил очень серьезно. Как в колонии, так первое время и в коммуне Макаренко стремился, чтобы командиром выбирался наиболее волевой, способный воспитанник, преданный интересам учреждения, хороший ученик в школе, ударник на производстве, более других квалифицированный и обладающий личными данными: тактом, энергией, распорядительностью, терпением, вниманием к младшим, честностью, справедливостью. Но в течение 16 лет Антон Семенович наблюдал "как эта тенденция выбора в качестве командира наиболее сильной личности, способной командовать, постоянно изменялась и как под конец во главе первичного коллектива становился очередной старший, ничем не отличающийся от всякого другого". В итоге Антон Семенович убедился, что детское выборное лицо способно не только играть в старшего, но и на самом деле руководить, не будучи для этого ни самым сильным, ни самым талантливым, ни самым волевым, а имел только одно чисто формальное отличие от всех остальных – полномочия и ответственность.
Командиры первичных коллективов, сам Антон Семенович, его помощники по учебно-воспитательной работе, председатели всех комиссий составляли совет коллектива. Этот совет решал главные жизненные вопросы коммуны. Антон Семенович рассказывал, что у них в совете выработалась "очень сложная и хитрая механика внутренних отношений". Им удавалось избегать какого бы то ни было раскола коллектива, вражды, недовольства, зависти и сплетен. И вся мудрость этих отношений, указывал Макаренко, концентрируется в переменности состава командиров, в котором уже побывала половина коммунаров и обязательно побывают остальные.
